1969 in Rottenbuch geboren. Er studierte bei Prof. Josef Niederhammer an der Universität für Musik und darstellende Kunst in Wien Kontrabass. Er war Substitut im Radio-Sinfonie-Orchester Wien und im Orchester der Wiener Staatsoper/Wiener Philharmoniker.
1995-1996 war er Solobassist im Schleswig-Holstein-Festival-Orchester und im Gustav-Mahler-Jugendorchester. In dem von Claudio Abbado gegründeten Mahler-Chamber-Orchestra war er Solobassist.
Seit 1996 ist er Kontrabassist im Orchester Musikkollegium Winterthur. Seit diesem Jahr ist er Kontrabassdozent an der Kalaidos Musikhochschule.
Josef Gilgenreiner spielt in verschiedenen Formationen Kammermusik, wie z.B. der Ars Amata und dem Amar-Quartett. Eine enge Zusammenarbeit verbindet ihn mit dem international renommierten Carmina-Quartett.